В файл Excel какими-то манипуляциями было добавлено более миллиона строк.
Для удаления лишних будем использовать VBA-скрипт. В Excel на вкладке Разработчик нажимаем кнопку Visual Basic.

В открывшемся редакторе в главном меню переходим в Insert -> Module и вставляем следующий код.
Sub УдалениеПустыхСтрок()
For Each Sht In ActiveWorkbook.Worksheets
Sht.UsedRange
Next Sht
End Sub

Возвращаемся в excel-файл и на вкладке Разработчик нажимаем кнопку Макросы и выбираем созданный макрос.

После выполнения макроса пустые строки должны удалиться.
Если строки не удалились, то проверить настройки макросов, перейдя на вкладке Разработчик в Безопасность макросов.

В открывшемся окне поставить галочку напротив Доверять доступ к объектной модели проектов VBA.

Перезапустить макрос.